本研究对福建长乐、古雷、晋江海区裸体方格星虫自然群体91个个体的线粒体COI基因进行序列测定，并与厦门、北海、三亚3个地理群体15个个体的线粒体COI基因序列进行了比较分析。在106个个体中共发现193个核苷酸多态位点和52个单倍型，长乐、古雷、晋江海区3个地理群体中单倍型多样性指数（h）在0.626到0.972之间，核苷酸多样性(π)在0.00155到0.01325之间，表现出较高的遗传多样性。分子方差分析(AMOVA)显示1.97％的变异存在于群体内，而群体间的遗传变异为98.03％，群体间变异是总变异的主要来源。构建的单倍型系统关系树显示单倍型聚合为A、B、C、D4个不同的具有高支持率的分枝，表明我国沿海至少存在4个线粒体具显著差异的类群, 并可能存在隐蔽种。单倍型最小拓展网络图揭示裸体方格星虫类群A存在福建沿海和北部湾两个明显的分支，是否可提升为亚种有待进一步考证。研究结果为中国沿海裸体方格星虫种质资源保护、人工苗种放养及遗传育种工作的开展提供了依据。